Các Rủi Ro Pháp Lý Và Mức Phạt Khi Xử Lý Mã Số Thuế Trạng Thái 03, 06

Trường hợp người nộp thuế (NNT) thuộc danh sách mã số thuế dừng hoạt động hoặc không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, việc làm thủ tục khôi phục hoặc đóng mã số thuế có thể phát sinh nhiều nghĩa vụ tài chính dồn tích. Tình trạng này xuất phát từ các khoản tiền phạt nộp chậm hồ sơ, tiền chậm nộp thuế và biện pháp cưỡng chế hành chính do cơ quan quản lý áp dụng trong thời gian ngừng giao dịch.

Tóm tắt nhanh: Những rủi ro khi khôi phục mã số thuế trạng thái 03 06 hoặc chấm dứt hiệu lực bao gồm: Bị xử phạt vi phạm thời hạn nộp hồ sơ khai thuế/phí; bị xử phạt hành vi trốn thuế (nếu chậm nộp tờ khai trên 90 ngày); bị phạt vi phạm hóa đơn; phát sinh tiền chậm nộp 0,03%/ngày; bị áp dụng 7 biện pháp cưỡng chế nợ thuế và tạm hoãn xuất cảnh đối với người đại diện theo pháp luật.

Các Rủi Ro Khi Khôi Phục Mã Số Thuế Trạng Thái 03 06 Cần Lưu Ý

Khi NNT ở trạng thái 03 hoặc 06 chủ động đến cơ quan thuế làm thủ tục chấm dứt hiệu lực hoặc khôi phục hiệu lực mã số thuế, cơ quan thuế sẽ tiến hành rà soát toàn bộ nghĩa vụ thuế chưa hoàn thành. Dưới đây là các nhóm rủi ro pháp lý và xử phạt vi phạm hành chính phổ biến:

1. Xử Phạt Vi Phạm Thời Hạn Nộp Hồ Sơ Khai Thuế

• Căn cứ pháp lý: Điểm b Khoản 3 Điều 5 và Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, sửa đổi bổ sung tại Nghị định 310/2025/NĐ-CP.

• Quy định xử phạt: Trường hợp doanh nghiệp chậm nộp hồ sơ khai thuế đối với các kỳ khai thuế phát sinh sau ngày 05/12/2020, nếu doanh nghiệp nộp tất cả hồ sơ khai thuế của cùng một sắc thuế trong 01 ngày thì sẽ bị xử phạt về một hành vi vi phạm có khung tiền phạt cao nhất trong số các hành vi đã thực hiện.

2. Xử Phạt Vi Phạm Thời Hạn Nộp Hồ Sơ Khai Phí, Lệ Phí

• Căn cứ pháp lý: Điều 22 Nghị định 109/2013/NĐ-CP (hiệu lực đến 31/12/2025) và Điều 16 Nghị định 02/2026/NĐ-CP (hiệu lực từ 01/01/2026).

• Quy định xử phạt: Nếu không nộp hoặc nộp chậm tờ khai phí, lệ phí, NNT sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính đối với từng tờ khai không nộp/chậm nộp theo quy định chi tiết tại thời điểm vi phạm.

3. Xử Phạt Hành Vi Trốn Thuế

• Căn cứ pháp lý: Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

• Quy định xử phạt: Hành vi không nộp hồ sơ đăng ký thuế, không nộp hồ sơ khai thuế hoặc nộp hồ sơ khai thuế sau 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp/hết thời hạn gia hạn sẽ bị xử phạt tiền từ 1 đến 3 lần số tiền thuế trốn (trừ một số trường hợp ngoại lệ quy định tại Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

4. Xử Phạt Vi Phạm Hành Chính Về Hóa Đơn

• Lập hóa đơn khống: Doanh nghiệp lập hóa đơn khống trong thời gian không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc đã ngừng hoạt động sẽ bị xử lý vi phạm hành chính theo Điều 22, Điều 28 Nghị định 125/2020/NĐ-CP hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 203 Bộ luật Hình sự.

• Sai phạm lập hóa đơn: Xử phạt đối với các hành vi vi phạm quy định về lập hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ theo Điều 24 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

5. Hậu Quả Pháp Lý Khi Nợ Thuế Quá 90 Ngày

NNT để tồn đọng nghĩa vụ tài chính trên 90 ngày sẽ đối mặt với các hình thức xử lý nghiêm ngặt theo quy định pháp luật:

• Tính tiền chậm nộp: Tính 0,03%/ngày trên số tiền thuế nợ phát sinh, tính liên tục từ ngày tiếp theo ngày phát sinh nợ đến ngày nộp đủ (Khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025).

• Cưỡng chế thi hành: Áp dụng các biện pháp cưỡng chế theo Điều 49 Luật Quản lý thuế 2025 bao gồm: Phong tỏa/trích tiền tài khoản ngân hàng, khấu trừ lương, dừng thủ tục hải quan, ngừng sử dụng hóa đơn, kê biên tài sản, thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh/doanh nghiệp.

• Tạm hoãn xuất cảnh: Áp dụng tạm hoãn xuất cảnh đối với cá nhân, người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Phân Loại Chi Tiết Trạng Thái Mã Số Thuế 03 Và 06

Theo Phụ lục 1 ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, các lý do chi tiết dẫn đến hai mã trạng thái này được hệ thống hóa như sau:

Lưu Ý Quan Trọng Cho Người Nộp Thuế

1. Rà soát nghĩa vụ thuế dồn tích: Trước khi làm việc với cơ quan thuế để mở lại hoặc chấm dứt MST, NNT cần tự rà soát lại toàn bộ tờ khai thuế, phí chưa nộp để chuẩn bị phương án tài chính cho các khoản phạt nộp chậm.

2. Tránh phát sinh hóa đơn bất hợp pháp: Tuyệt đối không xuất hóa đơn trong thời gian đơn vị đang bị cơ quan thuế ra thông báo ngừng hoạt động hoặc không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

3. Thực hiện xác minh địa chỉ: Đối với trạng thái 06, NNT phải làm thủ tục xác minh lại địa chỉ hoạt động thực tế với CQT quản lý trước khi đề xuất khôi phục hiệu lực MST.

Tuyên bố miễn trừ trách nhiệm: Thông tin trong bài viết được tổng hợp dựa trên các văn bản quy phạm pháp luật về thuế hiện hành mang tính chất tham khảo. Do chính sách thuế có thể thay đổi theo từng thời điểm, NNT nên tham vấn trực tiếp với Cơ quan Thuế quản lý hoặc chuyên gia pháp lý trước khi thực hiện các thủ tục hành chính.